Lesja ligger helt nord i Gudbrandsdalen, på begge sider av dalføret som dannes av det 10 km lange Lesjaskogsvatnet. Gudbrandsdalslågen starter sin lange ferd gjennom Gudbrandsdalen i Lesja. Ved Lesjaleira er det et særpreget område som opprinnelig var innsjøbunn.

Fjellturer i Lesja-området veksler mellom skog og kultureng og er et viktig hekkeområde for mange vadefugler.